Stephen Jay Gould era un paleontologo, biologo evoluzionista, saggista e intellettuale pubblico. Ha vissuto una vita ricca raggiungendo vette di successo accademico come professore all'Università di Harvard e ottenendo il riconoscimento pubblico come saggista scientifico erudito e letterato. L'importanza di Gould deriva dai suoi contributi distintivi e importanti come biologo evoluzionista e paleontologo, nonché dalla sua partecipazione a dibattiti pubblici che portano i suoi impegni umanistici e scientifici a sostenere importanti questioni sociali e scientifiche.
Come biologo Gould è meglio conosciuto per la teoria degli "equilibri punteggiati" che ha formulato insieme al paleontologo americano Niles Eldredge. La documentazione fossile è un'impronta del passato che fornisce ai ricercatori ampie prove non solo del fatto dell'evoluzione, ma una mappa dettagliata dei percorsi ramificati che collegano la diversità della vita. I percorsi evolutivi provenienti da diverse forme di vita possono essere tracciati attraverso l'ordine cronologico di questa documentazione fossile. Nella spiegazione darwiniana standard si presume che il ritmo del cambiamento evolutivo sia lento. Di conseguenza, piccoli cambiamenti incrementali vengono accumulati per ammontare alla fine alle grandi differenze che gli scienziati associano a specie distinte. La documentazione fossile, tuttavia, non mostra continui cambiamenti tra le forme di vita; piuttosto sembrano esserci delle lacune. Queste discontinuità nella documentazione potrebbero riflettere la conoscenza incompleta degli scienziati o semplicemente lacune nella documentazione fossile stessa. Gould ed Eldredge hanno tentato di spiegare le "lacune" nella documentazione fossile mettendo in discussione le ipotesi fatte sul ritmo del cambiamento evolutivo. Hanno sostenuto che per lunghi periodi le specie godono di stabilità, dando luogo a cambiamenti rapidi e drastici in brevi periodi di tempo. Pertanto, le cosiddette lacune nella documentazione fossile riflettono effettivamente un fatto sul ritmo del cambiamento evolutivo piuttosto che rappresentare prove mancanti.
Gould considerava la biologia evolutiva come una scienza storica. Per lui l'evoluzione non era un dispiegarsi deterministico degli eventi, ma un processo fortemente dipendente dalle vicissitudini delle circostanze. Le sue opinioni lo portarono in conflitto con alcuni dei suoi coetanei che cercarono di virare la biologia evolutiva verso un paradigma più meccanico in cui il processo evolutivo era ridotto alla selezione naturale operante a livello genetico. Forse il suo sparring partner più visibile in questo dibattito era Richard Dawkins, che aveva presentato senza dubbio la versione più forte del paradigma meccanico. Dawkins immaginava gli organismi come "robot pesanti" che eseguivano istruzioni codificate nel DNA dell'organismo. Dawkins si è allontanato dal darwinismo ortodosso ponendo il gene in opposizione all'organismo come unità di selezione. L'opposizione di Gould a questo punto di vista ha trovato espressione in molti modi interessanti.
In primo luogo, ha sostenuto che la selezione naturale, sebbene un motore dell'evoluzione importante e forse persino dominante, non fosse l'unica forza motrice. Ha deriso il pans-elettorismo dei suoi avversari come un "paradigma panglossiano" in cui ogni caratteristica dell'organismo è stata fornita con una storia adattazionista "Just So" - un riferimento alle storie divertenti per bambini di Rudyard Kipling, in particolare quelle sull'origine dei tratti degli animali. Gould considerava una molteplicità di meccanismi importanti nell'evoluzione. Questi meccanismi includevano il successo riproduttivo casuale di alcune caratteristiche dovuto alle dinamiche di popolazioni finite, nonché correlazioni strutturalmente inevitabili di caratteristiche selezionate in cui queste correlazioni non forniscono alcun vantaggio riproduttivo.
In secondo luogo, Gould si è opposto alla riduzione dell'evoluzione al livello dei geni. Ha accettato come un dato di fatto che i geni siano responsabili dell'ereditabilità dei tratti, ma ha sostenuto che la selezione avviene a livello dell'organismo secondo il paradigma darwiniano. L'evoluzione di Gould non poteva essere compresa a meno che non si consentissero diversi livelli gerarchici di studio; questa gerarchia includeva il livello genetico, l'organismo e la specie, ciascuno importante per un diverso insieme di questioni evolutive.
In terzo luogo, Gould sosteneva che la riduzione dell'organismo al suo genotipo portava ineluttabilmente a tutta una serie di idee sbagliate che egli chiamava collettivamente determinismo biologico. Il determinismo biologico, come espresso nelle idee di sociobiologia e psicologia evolutiva, è la convinzione che il comportamento complesso degli organismi possa essere inteso come derivante dalla composizione genetica dell'organismo e sono quindi caratteristiche permanenti dell'organismo. Ad esempio, un determinista potrebbe sostenere che i geni di una persona determinano il suo livello di intelligenza.
Gould ha continuato a comprendere le domande a cui i deterministi biologici hanno cercato di rispondere in quanto storicamente condizionate. Vide nel programma determinista un programma che giustificava la stratificazione della nostra società odierna lungo linee di genere, razziale ed economica fornendo a queste realtà sociali una giustificazione biologica.
Gli interessi scientifici di Gould si intersecavano in modo significativo con i suoi impegni sociali. Ha partecipato a dibattiti pubblici contro il creazionismo e le basi genetiche per le differenze comportamentali tra raggruppamenti razziali, di genere e di classe. Ha scritto in modo prolifico per il pubblico laico su scienza, storia e società e ha raggiunto una notevole quantità di fama e influenza come scrittore di scienze popolari.