Afonso d'Albuquerque, noto come "il Grande", nacque ad Alhandra, vicino a Lisbona, in Portogallo, e morì in mare al largo di Goa, in India. Era il secondo governatore dell'India, che pose le basi dell'Impero portoghese in Oriente.
Albuquerque era il secondo figlio del senhor di Vila Verde. I suoi antenati e quelli di sua moglie, Dona Leonor de Meneses, servirono i re portoghesi Giovanni I (1357-1433) ed Edoardo (1391-1438) in uffici alti e riservati, e lui stesso servì dieci anni in Marocco sotto Afonso V (1432 –1381), Giovanni II (1455–1495) e Manuele I (1469–1521), dove acquisì la prima esperienza militare durante le crociate contro i musulmani. Albuquerque era il più importante sotto Giovanni II, ma la sua reputazione si basa sul suo servizio in Oriente.
Quando Vasco da Gama (1469-1524 ca.) tornò in Portogallo nel 1499 dal suo viaggio pionieristico in India, il re Manuele inviò immediatamente una seconda flotta al comando di Pedro Álvares Cabral (1467-1520 ca.) per aprire relazioni e commerciare con i sovrani indiani . I commercianti musulmani che avevano monopolizzato la distribuzione delle spezie hanno chiesto al zamorin, o principe indù di Calicut, per l'assistenza contro i portoghesi. La sua dipendenza, il raja di Cochin, sulla costa del Malabar, ha però accolto gli iberici. Nel 1503 Albuquerque arrivò con suo cugino Francisco per proteggere il sovrano di Cochin, dove costruì la prima fortezza portoghese in Asia e pose una guarnigione. Dopo aver aperto una stazione commerciale a Quilon, tornò a Lisbona nel luglio 1504, dove fu ben accolto da Manuele e poté partecipare alla formulazione della politica portoghese verso l'Asia.
Nel 1505 Manuele nominò Dom Francisco de Almeida (1450–1510 ca.) primo governatore dell'India, con il grado di viceré. L'obiettivo principale di Almeida era sviluppare il commercio e aiutare gli alleati dei portoghesi. Albuquerque lasciò Lisbona con Tristão da Cunha (1460–1540) nell'aprile 1506 per esplorare la costa orientale dell'Africa. Nell'agosto 1507 costruì una fortezza sull'isola di Socotra per bloccare la foce del Mar Rosso e interrompere il commercio arabo con l'India. Successivamente, Albuquerque conquistò Hormuz (Ormuz), un'isola nel canale tra il Golfo Persico e il Golfo di Oman, per aprire il commercio europeo-persiano. La fortificazione di Hormuz dovette essere abbandonata a causa delle divergenze con i suoi capitani, che partirono per l'India. Albuquerque, partito con solo due navi per Socotra, ha continuato a razziare le coste arabe.
Il re Manuel nominò Albuquerque per succedere ad Almeida alla fine del suo mandato, anche se senza il grado di viceré. Quando Albuquerque raggiunse l'India nel dicembre 1508, Almeida aveva schiacciato le forze navali improvvisate di Calicut, ma una marina dell'Egitto aveva sconfitto e ucciso suo figlio. Almeida ha insistito per rimanere al potere fino a quando non avesse vendicato la morte di suo figlio; per evitare qualsiasi interferenza, Almeida decise di imprigionare il suo successore, Albuquerque. Almeida riuscì a sconfiggere i musulmani al largo di Diu nel febbraio 1509 e in novembre, con l'arrivo del maresciallo Fernando Coutinho dal Portogallo, trasferì finalmente il suo ufficio ad Albuquerque.
Il piano di Albuquerque era quello di assumere il controllo attivo su tutte le principali rotte commerciali marittime dell'Oriente e di stabilire fortezze permanenti con popolazioni stanziate. Si rese conto che era meglio cercare di soppiantare i musulmani. Con l'assistenza di un potente corsaro di nome Timoja, prese ventitré navi per attaccare Goa, a lungo governata da principi musulmani. Albuquerque occupò questa città nel marzo del 1510, ma fu costretta a lasciare la cittadella da un esercito musulmano a maggio. A novembre ha ripreso Goa dopo un ultimo assalto. I difensori musulmani sono stati messi a fil di spada.
Dopo questa vittoria sui musulmani, i governanti indù accettarono la presenza portoghese in India. Albuquerque usò Goa come base navale contro i musulmani. Ha anche deviato il commercio delle spezie a Goa e ha utilizzato la città come base per la fornitura di cavalli persiani ai principi indù. Sposando i suoi uomini con le vedove delle sue vittime avrebbe dato a Goa la propria popolazione. Le comunità del villaggio, sotto un regime speciale, avrebbero assicurato un'abbondanza di rifornimenti e merci.
Dopo aver provveduto al governo di Goa, Albuquerque intraprese la conquista di Malacca, nella penisola malese, l'immediato punto di distribuzione delle spezie in Oriente. Ha preso questa città portuale nel luglio 1511, l'ha presidiata e ha inviato un ambasciatore presso il re del Siam per aprire il commercio. Ha anche inviato navi in cerca di spezie alle Isole Banda e alle Molucche.
Nel frattempo, Goa era di nuovo sotto pesante attacco. Albuquerque lasciò Malacca nel gennaio 1512 e andò in soccorso di Goa. Dopo aver ripristinato la sicurezza della città, e dopo aver stabilito un sistema di licenze per controllare il movimento delle merci, Albuquerque partì per il Mar Rosso con una forza di soldati portoghesi e indiani. Poiché Socotra era inadeguata come base, ha tentato di prendere Aden, ma le sue forze si sono rivelate insufficienti. Quindi esplorò le coste arabe e abissine (etiopi). Tornato in India, sottomise finalmente Calicut, fino a quel momento la principale sede dell'opposizione ai portoghesi.
Nel febbraio 1515 Albuquerque lasciò nuovamente Goa con ventisei navi dirette a Hormuz, ottenendo il controllo di una parte dell'isola. Si ammalò a settembre e tornò a Goa. Durante il viaggio apprese di essere stato soppiantato dal suo nemico personale, Lope Soares de Albergaria. Albuquerque morì amareggiato a bordo della nave prima di raggiungere la sua destinazione.
I piani di Albuquerque derivavano dallo spirito crociato di Giovanni II e altri. Non si lasciava sviare dai suoi schemi da considerazioni di guadagno mercantile. I suoi concetti più audaci, come rivoltare i persiani contro i turchi o rovinare l'Egitto deviando il corso del Nilo, potrebbero essere stati sovrumani, ma forse lo erano anche i suoi successi.